Institutt for samfunnsforskning (ISF) er ikke på noen måte imot å betale skatt, men mener at instituttet omfattes av skattefritaket i skatteloven § 2-32 om institusjon eller organisasjon som ikke har erverv til formål mv. Av prinsipielle grunner påklaget ISF derfor ligningen for skatteåret 2009. Da klagen ikke førte helt frem, tok instituttet ut stevning mot Skatt Øst.
Den 20. juni 2016 ble saken avsluttet gjennom forlik som innebærer at alle ISFs inntekter fra forskning er skattefrie og at staten dekker instituttets omkostninger med saken. Forliket omfatter utelukkende skatteåret 2009, men det materielle innholdet vil være retningsgivende også for de følgende år.
ISFs profil som forskningsinstitusjon har vært avgjørende for resultatet. I forliket heter det om dette:
«Staten ved Skatt øst er av den oppfatning at ved ny ligning er inntekter fra forskning som baserer seg på prising av tjenestene til tilnærmet selvkost, jf. Norges Forskningsråds regelverk, hvor Kunnskapsdepartementets Standardavtale for forskningsoppdrag benyttes og alle forskningsresultatene publiseres, ikke skattepliktig.»
ISF og Skatt Øst er enige om at forliket skal være offentlig.
